در ادامه مباحث مربوط به بودجه‌ریزی مشارکتی به بحث انتقادات و چالش‌های این بحث خواهیم پرداخت. انتقادات مختلفی به بحث بودجه‌ریزی مشارکتی وارد شده است. البته فعالان و محققان این حوزه، پاسخ‌هایی نیز به هر کدام از این انتقادات داده‌اند. در این بخش صرفا به صورت خلاصه، به اهم این انتقادات اشاره می‌کنیم:
البته فعالان و محققان حوزه‌ی بودجه‌ریزی مشارکتی برای این انتقادات پاسخ‌هایی نیز ارائه داده‌اند. به عنوان مثال می‌گویند تنها باید بخش کوچکی از بودجه‌های شهر از طریق بودجه‌ریزی مشارکتی اختصاص یابد. اختصاص بخش زیادی از بودجه به این روش، برنامه راهبردی شهر را متضرر خواهد کرد. همچنین مسوولان برگزاری این فرآیند، می‌توانند شاخص‌های صلاحیت یک ایده را به گونه‌ای طراحی کنند تا پروژه‌هایی که در راستای تضعیف برنامه کلان شهر و یا منفعت مشترک همگانی است رد شوند. همچنین سازوکارهایی برای مشارکت بیشتر مردم و آموزش آن‌ها می‌بایست تعبیه گردد تا نقد عدم صلاحیت و شایستگی شهروندان برای ورود به این موضوع وجهی نداشته باشد. همچنین می‌توان از متخصصان و مشاوران برجسته‌ی بودجه‌ریزی برای کمک به مردم در تمام این فرآیند استفاده کرد. به صورت کلی می‌توان گفت منافع ایجاد سازوکارهای بودجه‌ریزی مشارکتی بسیار بیشتر از معایب و مضرات آن است.
همچنین چالش‌هایی برای بودجه‌ریزی مشارکتی وجود دارد که مسوولان برگزاری این پروژه می‌بایست برای هر کدام از این چالش‌ها راه‌حل‌هایی از پیش مشخص کنند:
- پیچیدگی احتمالی فرآیند: فرآیند بودجه‌ریزی مشارکتی پیچیدگی‌هایی دارد، اما شهروندان نباید احساس کنند در یک فرآیند سخت و طاقت فرسا قرار داشته و نمی‌دانند چه اتفاقی دارد می‌افتد.
- غلبه بر انحرافات: چگونه می‌توان مطمئن شد شهروندانی که در این فرآیند شرکت داشته‌اند، نماینده کل جامعه هستند؟ آیا گروه‌های اقلیت نیز در این فرآیند شرکت داشته‌اند؟ برای حل این چالش نیز، مسوولان مربوطه می‌بایست کمپین‌های تبلیغی وسیعی را جهت جلب مشارکت از همه اقشار جامعه ایجاد کنند. همچنین با مشارکت گروه‌های مرجع می‌توان افراد مختلفی را جهت مشارکت ترغیب کرد.
- منابع ناکافی: یکی از مهمترین عوامل موفقیت در این پروژه، داشتن منابع مالی کافی است تا هم کل فرآیند و هم پروژه‌های منتخب به خوبی اجرا شوند. اگر مسوولان منابع کافی برای انجام پروژه در اختیار نداشته باشند به اعتماد مردم در رابطه با بودجه‌ریزی مشارکتی لطمه بزرگی وارد می‌شود.
- مدیریت انتظارات: مردم ممکن است تحولات بزرگی را از فرآیند بودجه‌ریزی مشارکتی انتظار داشته باشند. در این خصوص می‌بایست این انتظارات را مدیریت کرد. شفافیت و صداقت از مهمترین ابزارهای این کار است.
ایجاد چرخه: بودجه‌ریزی مشارکتی را نباید به عنوان یک رویداد و اتفاق دید، می‌بایست کاری کرد تا این فرآیند به یک چرخه تبدیل شده و هر ساله اجرا گردد. شاید مهمترین چالش مسوولان، این نکته باشد. ایجاد چرخه!