موسسه European Hub for Civic Engagement در گزارشی، به مهمترین چالش‌هایی که فناوری شهروندی و همچنین فعالان و سازمان‌هایی که در این حوزه فعال هستند (به خصوص فعالان اروپایی در این زمینه) با آن روبرو هستند اشاره کرده است. این موسسه، چهار دسته از چالش‌ها را شناسایی کرده است که در ادامه به آنها اشاره می‌گردد.
۱- چالش‌های مرتبط با جامعه فعالان فناوری شهروندی
یکی از چالش‌های اصلی حوزه‌ی فناوری شهروندی، به جامعه فعالان این حوزه مرتبط است. یکی از مهمترین مشکلات این حوزه، عدم ارتباط و همکاری درون این جامعه (به خصوص در اروپا) است. این کاستی، تبادل دانش و ایجاد شبکه‌های کارآمدی که می‌توانند پتانسیل جامعه فناوری شهروندی را که آزاد کنند با دشواری مواجه می‌کند. یکی از راهکارهای برطرف کردن این چالش، ایجاد فضای دیجیتالی همکاری در این زمینه است که وابسته به نهاد خاص و یا جغرافیای خاصی نبوده و برگرفته از خود این جامعه باشد.
۲- چالش‌های مرتبط با منابع
بازیگران جامعه فناوری شهروندی، غالباً هنگام کار روی موضوع جدید یا هنگام تأسیس سازمان خود، از صفر شروع می‌کنند. مشکل و مساله‌ای که آنها می‌خواهند در جامعه به آن بپردازند مشخص و واضح است، اما منابع برای تأثیرگذاری معنادار آنها دست نیافتنی هستند. با این حال، این منابع وجود دارند. این منابع شامل دانش، مهارت فنی و یا سایر بازیگران با تجربه در این زمینه هستند. اما مهم به اشتراک‌گذاری این منابع و استفاده از آن‌هاست. در این بین، تنها جامعه فناوری شهروندی که قادر است منابع معتبر را به اشتراک بگذارد و از آن استفاده کند، می تواند به رشد خود ادامه دهد.
۳- چالش‌های مرتبط با ایده و ایده‌پردازی
مسیر رسیدن به یک ایده یا یک کمپین توسعه یافته طولانی است. در بیشتر موارد به بازخورد، انتقاد و اظهار نظر نیاز دارد. غالباً، ایده‌ها از بین می‌روند چراکه به اندازه كافی در تعامل انسانی شکل نگرفته‌اند. تعاملات می‌توانند ایده‌ها را به مراحل بعدی برسانند. باید در این زمینه، یک چارچوب برای تبادل ایده‌ها در فضایی امن (که ایده دزدی در آن مطرح نشود)، حمایتی و سازنده ایجاد کرد.
۴- چالش‌های مرتبط با تامین مالی
تامین مالی، همواره یکی از چالش‌های اصلی حوزه فناوری شهروندی است. در بسیاری از اوقات، فرآیند نحوه‌ی اعطاء و توزیع بودجه در این زمینه به خصوص برای بازیگران کم تجربه مشخص نیست. در بسیاری از کشورها، عملا بودجه‌ای برای فعالیت‌های این‌چنینی هزینه نمی‌شود. در کشورهای دیگر نیز فرآیندهای بوروکراتیک و ساختارهای طولانی، کار کردن در این زمینه را سخت می‌کند.