بنیاد شوالیه در گزارشی با عنوان «Scaling Civic Tech»، مهمترین چالش‌های سازمان‌هایی که روی حوزه‌ی فناوری شهروندی متمرکز شده‌اند را بیان کرده‌اند. این چالش‌ها به شرح زیر هستند:
۱. چالش‌های مالی و درآمدی
جالب است حتی سازمان‌هایی که در زمینه‌ی فناوری شهروندی به عنوان نمونه‌ی موفق این حوزه شناخته می‌شوند نیز با چالش‌های مالی و درآمدی زیادی روبرو هستند. کمتر سازمانی در این حوزه را می‌توان با عنوان سازمان پایدار (به لحاظ درآمدی) شناخت. البته شاید دلیل این امر نیز، نوظهور و نوپا بودن این حوزه است و در آینده این مشکل برطرف شود. اما جریان‌های درآمدی و مالی از اصلی‌ترین چالش‌های سازمانهای حوزه فناوری شهروندی بوده و تا الان نیز هست.
۲. اختلاف و ناسازگاری مدل‌های درآمدی
یکی از چالش‌های سازمانهای فناوری شهروندی، اختلاف مدل‌های درآمدی در این حوزه است. برخی از مدل‌ها برمبنای سازمانهای انتفاعی و برخی دیگر برمبنای سازمانهای غیرانتفاعی شکل گرفته‌اند. فناوری شهروندی را بواقع نه می‌توان در حوزه سازمانهای انتفاعی و نه می‌توان در حوزه غیرانتفاعی تعریف کرد. از سوی دیگر، منابع قابل تکرار و معتمد درآمدی و ظرفیت‌های سازمانی لازم برای دستیابی به این منابع در حوزه‌های مختلف فناوری شهروندی مانند شفافیت، رای‌دهی، تعاملات دولت-شهروند و … متفاوت است و یک سازمان این حوزه می‌بایست مدل‌های مختلف درآمدی در آنِ واحد استفاده کند که خود چالش بزرگی است.
۳. مسیرهای رشد
یکی دیگر از چالش‌های سازمانهای فناوری شهروندی مسیر رشد این سازمان‌هاست. از آنجاییکه تمرکز بیشتر این سازمان‌ها بر توسعه ظرفیت فروش محصولات خود است و تامین مالی تیم‌های خود را با استفاده از شبکه‌های دولتی قوی انجام می‌دهد تنها سازمان‌هایی با مدل کسب و کار انتفاعی می‌توانند مسیر رشد خود را طی کنند. در صورتی که سازمان‌هایی با مدل کسب و کارهای دیگر همواره چالش‌های جدی در طی مسیر رشد خود داشته‌اند.
۴. نامشخص بودن سنجه‌های اثر
سنجش اثر در حوزه فناوری شهروندی بسیار سخت است. از آنجاییکه برای جذب منابع مالی نیاز است تا سازمان‌ها عملکرد خود را به خوبی نشان دهند، اما ارزیابی عملکرد سازمانهای فناوری شهروندی به شدت سخت است. این سازمان‌ها با مسائل عمومی و حوزه‌ی عمومی ارتباط دارند و ارزیابی نتایج کارشان در این حوزه نیز نیازمند سنجه‌های دقیق و زیادی است که تاکنون در تحقیقات علمی کمتر به آنها توجه شده است.
۵. کمبود سرمایه‌گذاری در ظرفیت‌های محوری
در حالی که سرمایه‌گذاری‌های معمول، شرکت‌های فناوری را قادر می‌سازد تا در ظرفیت‌های اصلی خود مانند توسعه فناوری و بحث فروش سرمایه گذاری کنند، سرمایه‌گذاری بشردوستانه برای استارتاپ‌های فناوری‌های شهروندی تا حد زیادی از اجرای پروژه‌های خاصی حمایت کرده است. سرمایه‌گذاران بشردوستانه باید چگونگی سرمایه‌گذاری در استارتاپ‌های فناوری شهروندی را در نظر بگیرند تا اطمینان حاصل کنند که سرمایه‌گذاری از رشد بلند مدت آنها پشتیبانی می‌کند و نه فقط اجرای کوتاه مدت پروژه‌ها و برنامه‌های خاص.
